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在运用大孔吸附树脂进行分离精制工艺时，其大致操作步骤为：大孔吸附树脂预处理——树脂上柱——药液上柱——大孔吸附树脂的解吸——大孔吸附树脂的清洗、再生。由于每一个操作单元都会影响到大孔吸附树脂的分离效果，因此对大孔吸附树脂的精制工艺和分离技术的要求就相对较高。
树脂的极性和空间结构是影响吸附性能的重要因素一般非极性化合物在水中可以被非极性树脂吸附，极性树脂则易在水中吸附极性物质。在一定条件下，化合物的体积越大，其吸附力越强。
根据极性“相似相溶”的原理，对非极性大孔吸附树脂来说，洗脱剂极性越小，其洗脱能力越强，而对于中极性大孔吸附树脂和极性较大化合物，则用极性较大的溶剂较为合适，此外，上柱液浓度、pH值及外界温度也是影响其吸附性能的重要因素。
